El CICESE fue creado por decreto presidencial el 18 de septiembre de 1973. ¿Por qué en Ensenada? El contexto es diverso: había una política de descentralización impulsada por el recién creado CONACYT; aquí estaba la Escuela Superior (hoy Facultad) de Ciencias Marinas de la UABC y el Scripps Institution of Oceanography (SIO) de la UCSD; en 1970 la UNAM decidió construir el Observatorio Astronómico Nacional en la sierra de San Pedro Mártir, y años después un laboratorio del Instituto de Física. Además, en la península y en el Golfo de California hay una intensa actividad tectónica y sísmica que justifican los estudios en ciencias de la Tierra, y se requería instrumentación electrónica y óptica como apoyo a la UNAM y a la investigación oceanográfica y geofísica del nuevo centro.

Nuestras primeras instalaciones estaban en la esquina de las calles Gastélum y Novena. Después se rentaron locales en la Espinoza y en la Av. Ruiz. El campus que actualmente ocupamos comenzó a desarrollarse en 1977. Gradualmente se adquirieron terrenos y construimos edificios que ahora son parte de las más de 15 hectáreas que hoy conforman una verdadera ciudad universitaria, sede de varias facultades e institutos de investigación de la UABC, del Instituto de Astronomía y del Centro de Nanociencias y Nanotecnología de la UNAM, y de las cuatro divisiones académicas del CICESE (Biología Experimental y Aplicada, Ciencias de la Tierra, Física Aplicada y Oceanología).