En este departamento se estudia el medio marino como un sistema físico. La misión del departamento es investigar la física del océano en general y de los mares mexicanos en particular, mediante proyectos directamente desarrollados por miembros del personal académico, así como a través de la formación de recursos humanos a través de los tres niveles profesionales; es decir, mediante dirección de tesis de licenciatura y por medio de los programas de maestría y doctorado.